La compétence d’un écologue est primordiale pour réaliser le diagnostic initial du site. Il aura les connaissances naturalistes nécessaires et obtiendra rapidement et efficacement une vue d’ensemble de la dynamique de l’écosystème en présence et de ses relations avec l’extérieur. Sa participation aux débats pour la rédaction de la charte d’objectif, du programme d’actions, du programme des opérations et à chaque étape si besoin permettra d’apporter des solutions pour optimiser le potentiel « biodiversité » du projet au regard des contraintes qui peuvent être imposées. L’écologue sera généralement issu d’un bureau d’étude en environnement et en écologie.
Il est par ailleurs conseillé de désigner un référent biodiversité, c'est-à-dire une personne chargée de la bonne mise en œuvre et du suivi du programme d’action pour le caractère « biodiversité » du projet. A chaque étape, elle s’assure que les informations ont été transmises à tous les acteurs, que les actions sont bien réalisées et que les corrections nécessaires sont apportées. Elle conseille les acteurs du projet et s’assure que le maximum soit mis en place pour croiser les composantes du projet (écologiques, techniques, sociales, économiques, exigences du maître d’ouvrage, …) et son caractère « biodiversité positive ». Elle peut également être en charge de réaliser ou de coordonner la sensibilisation des acteurs, … Le référentiel BREEAM préconise en ce sens la nomination d’un « champion » pour la sensibilisation des acteurs.