A cette étape, le maître d'œuvre transcrit le projet en spécifications techniques imposées contractuellement à l'entreprise par un Cahier des Clauses Techniques Particulières (CCTP). Le maître d'œuvre doit alors compléter ces spécifications par des mesures visant à diminuer ses nuisances propres sur la biodiversité. Pour cela, il s’inspire des préconisations de l’écologue. Il peut demander à l'entreprise d'élaborer un Plan d'Assurance Environnement (PAE). Les principales actions prévues peuvent être transcrites dans le mémoire technique remis avec l'offre de l'entreprise.
La gestion des nuisances issues des chantiers tels que la production de déchets, la consommation d’énergie, les risques de pollution, les risques de nuisances sonores nécessitent souvent un plan de gestion. C’est une obligation contractuelle élaborée par l'entreprise pendant la préparation du chantier. Son contenu peut se résumer à quelques actions décrites dans les documents de préparation de chantier mais pour les affaires complexes, longues et à fort risque de nuisances, il peut s’agir d’une démarche complète animée par un responsable environnement. Son contenu reprend la logique de la norme ISO 14001 ou du système de management environnemental mis en œuvre par l'entreprise.